ヘッダー・モジュールテンプレートの一番下に外部スクリプトを読み込ませて、いれて、スタイルシートの方で、位置関係やデザインを指定。
やはり、デザインが独立した、ウエブの作成については、通常のエディターなどで作成した方が楽です。ウエブページの数が少ない場合、CSSを切替えたり、サイドバーがいる、いらないをいちいちプログラム化するのも手間。
（追記）製品版MT4.1から、グローバル・テンプレートができて、複数のブログにまたがる共通う部分は管理しやすなりました。
グローバルメニュー
このページの上部の帯部分にあるようなグローバメニュー（各ページに共通なメニュー）ですが、すべてMovable Tｙpe の中で、ウエブもブログも完結させるなら、MTタグを駆使してテンプレート内で生成するのものいいですが、通常のウエブページも含めたメニューを作るなら、javascript利用の方が楽なようです。